Sono organi del Consorzio: a) il Consiglio dei Delegati; b) la Deputazione Amministrativa; c) il Presidente; d) il Collegio dei Revisori dei Conti.

Il Presidente della Provincia di Firenze, con Atto n.2 del 10.1.2008, ha nominato un Commissario Straordinario per provvedere alla gestione dell'Ente fino alla convocazione del corpo elettorale per i comprensori di bonifica n.21 e n.22; il Commissario, avocando a sé le funzioni del Presidente, della Deputazione e del Consiglio, ha l'obiettivo di portare a termine gli adempimenti amministrativi e tecnici derivanti dall'ampliamento del territorio di competenza.

L'attività commissariale è stata riconfermata con l'approvazione della L.R.T. 47/09 del 5 agosto 2009, della L.R.T. 08/10 del 9 febbraio 2010 e della L.R.T. 47/10 del 5 agosto 2010 con le quali si sono successivamente sospese le procedure di elezione e si sono prorogati gli organi amministrativi, nelle more dell'approvazione della riforma organica degli organi dei consorzi di bonifica nell'ambito del testo unico in materia di difesa del suolo e comunque non oltre il 31 dicembre 2012, così come prorogato con la L.R.T. 66/11 del 27 dicembre 2011.

Con l'entrata in vigore della L.R.T. 47/10 del 5 agosto 2010 (art. 3, comma 1), è decaduta dalle proprie funzioni la Consulta; continua invece ad esercitare le proprie funzioni il Collegio dei Revisori.

Riportiamo l’attuale costituzione del Collegio dei Revisori:

All’intera organizzazione del Consorzio sovrintende il Direttore, che ne dirige, coordina e sorveglia il funzionamento.

La struttura del Consorzio comprende due aree operative: l’Area Amministrativa e l’Area Tecnica.